职业病危害因素识别的方法很多，常用的有类比法、资料复用法、经验法、检查表法、工程分析法和实测法等。事实上不同的方法有不同的优缺点，不同的项目有各自的特点，应根据实际情况综合运用、扬长避短，方可取得较好的效果。
1类比法
类比法是利用与拟建项目类型相同的现有项目的职业病危害因素资料进行类推的识别方法。采用此法时，应重点关注识别对象与类比对象之间的相似性，如：
① 工程一般特征的相似性，包括工艺路线、生产方法、原辅材料、产品结构等;
② 职业卫生防护设施的相似性，包括有害因素产生途径、浓度(强度)与防护措施等;
③ 环境特征的相似性，主要包括气象条件、地理条件等。类比法是建设项目职业病危害预评价工作中最常用的识别方法。优点是通过对类比企业进行现场调查和实际检测后，可对职业病危害因素进行直观定性和定量描述。缺点是识别对象与类比对象之间因可能存在的生产规模、工艺路线、生产设备等差别，导致职业病危害因素的种类和危害程度的差异。目前我们所遇到的评价项目多数为新技术、新材料的应用，很难在本地找到理想的类比对象。为此倡议成立全国性的建设项目职业病危害评价专业协会，利用因特网技术，建立“建设项目职业病危害评价专业网站”。实行会员制，把每个单位完成的职业病危害控制效果评价资料分类上传，建立“类比资料数据信息库”，实现资源共享。
此外在实际工作中，完全相同的类比对象是十分难找的。因此在进行类比定量识别时，应根据生产规模等工程与卫生防护特征、生产管理以及其他因素等实际情况进行必要的修正。
2资料复用法
资料复用法是利用已完成的同类建设项目或从文献中检索到的同类建设项目的职业病危害资料进行类比分析、定量和定性识别的方法。该法属于文献资料类比的范畴，具有简便易行等优点，但可靠性和准确性难以控制。
3经验法
经验法是依据其掌握的相关专业知识和实际工作经验，借助自身经验和判断能力对工作场所可能存在的职业病危害因素进行识别的方法。该方法主要适用于一些传统行业中采用传统工艺的工作场所的识别。优点是简便易行。缺点是识别准确性受评价人员知识面、经验和资料的限制，易出现遗漏和偏差。为弥补上述不足，可采用召开专家座谈会的方式交流意见、集思广益，使职业病危害因素识别结果更加全面、可靠。
4检查表法
为了系统地识别工厂、车间、工段或装置、设备以及生产环境和劳动过程中产生的职业病危害因素，事先将要检查的内容以提问方式编制成表，以便进行系统检查的方法叫检查表法。它的应用可克服其他方法不系统、不全面、重点不突出等缺点作为一种定性识别的方法有着广泛的用途。缺点是检查表的通用性差，对于不同行业、不同工艺的项目需要编制不同内容的检查表，且编制一张完整有效的检查表技术难度较大。该法适用于对传统行业传统工艺项目的识别，并应结合经验法一同使用。
5工程分析法
工程分析法是对识别对象的生产工艺流程、生产设备布局、化学反应原理、所选原辅材料及其所含有毒杂质的名称、含量等进行分析，推测可能存在的职业病危害因素。在应用新技术、新工艺的建设项目，找不到类比对象与类比资料时，利用工程分析法来识别职业病危害因素最有说服力。
6实测法
实测法是采用仪器对工作场所可能存在的职业病危害因素进行现场采样分析的方法。可用于对职业病危害因素的定量识别;也可用于对职业病危害因素的定性识别;可用于建设项目职业病危害控制效果评价和工作场所职业病危害因素的定期监测与评价;同样也可用于建设项目职业病危害预评价。在建设项目职业病危害控制效果评价、工作场所职业病危害因素的定期监测与评价以及建设项目职业病危害预评价类比调查等工作中，通常对已知职业病危害因素进行采样测定，属定量识别范畴。而用先进仪器设备对工作场所可能存在的职业病危害因素进行定性分析，则属于定性识别范畴。如用气相色谱质谱分析仪对工作场所空气中有害物质进行定性与定量分析，可以识别出来一些工程分析法、经验法等难以发现的有害因素。
目前一些工业化学品供货商为推销产品，常常打出环保产品、绿色产品的旗号，或出于配方保密的目的仅提供商品名和产品代号，导致使用部门对这些化学品组分并不了解，对可能产生的职业病危害认识不足。对于这类危害因素的识别，实测法就能发挥较好的优势。因此，该法对识别生产与使用含混合有机溶剂的涂料、胶黏剂等工作场所的职业病危害因素十分有效。实测法所得结果客观真实，往往是建设项目职业病危害评价结论和卫生监督结论的重要依据。缺点是投入的人力、物力大，时间长，测定项目不全或检测结果出现偏差时易导致识别结论的错误或遗漏。
7理论推算法
理论推算法是一种职业病危害因素定量识别的方法。利用有害物扩散的物理化学原理或噪声、电磁场等物理因素传播与叠加原理定量推算有害物存在浓度(强度)。如利用毒物扩散数学模型可预测与毒物散发源一定距离的某工作地点的毒物浓度，可利用噪声叠加原理预测工房内增加噪声源后噪声强度的变化。